上位不足三个月,菅直人就不得不为保卫其日本首相的宝座而战,对手是在政坛摸爬滚打40余载的元老级人物小泽一郎。所幸,在9月14日的选举中,菅直人有惊无险地过关。
当天下午,民主党选举管理委员会宣布,菅直人在民主党党魁竞选投票中拿到721票,以压倒性优势获胜,而小泽一郎在选举中仅获491票。国会议员的投票,加之当日凌晨起开始计票的基层党员票,以及地方议员的“地方票”,三项投票统计,菅直人赢得较高票数,成为民主党新任党代表。日本实行政党内阁制,议会中第一大党党首一般就是首相,而民主党是众院第一大党,于是菅直人将担任日本首相。